Коммандер Шепард занимается уничтожением остатков сопротивления гетов. Во время одного из рейдов корабль «Нормандия СР-1» подвергается атаке неизвестного противника, и после короткой схватки оказывается уничтожен, а Шепарда выбрасывает в открытый космос. Пока тот официально считается погибшим, «Цербер» в своих научных лабораториях восстанавливает найденное тело капитана. После «воскрешения» Шепард встречается с Призраком, лидером «Цербера», который предлагает расследовать причину таинственных исчезновений жителей из людских колоний (подробнее). .