В 2012 году сталкер по прозвищу Стрелок сумел отключить Выжигатель Мозгов — мощный генератор пси-излучения, способный начисто стереть разум человека. После этого толпы ловцов удачи ринулись к центру Зоны: одни искали легендарные россыпи артефактов, другие — не менее легендарный Исполнитель Желаний. Внезапно грянувшие перемены вынудили Совет национальной безопасности и обороны Украины принять решение о срочном проведении операции под кодовым названием «Фарватер». Десятки вертолётов с подразделениями специального назначения поднялись в воздух и взяли курс на ЧАЭС, однако Зона оставалась Зоной: несмотря на самую тщательную подготовку, «Фарватер» завершился полным провалом. Пытаясь выявить причину, руководство СБУ направило в зону одного из главных своих экспертов — майора Александра Дегтярёва, в прошлом бывалого сталкера, от лица которого игроку предстоит выполнять все действия в игре.