Сюжет игры начинается непосредственно после окончания событий AC: Revelations. В настоящем времени Дезмонд, его отец Уильям, Ребекка Крэйн и Шон Гастингс находят величественный Храм в пещере неподалёку от Нью-Йорка. С помощью «Яблока» Дезмонд активизирует большую часть оборудования, а также таймер, указывающий на важное событие 21 декабря 2012 года. Для того чтобы открыть путь к спасению мира, нужен ключ и четыре источника энергии. Один источник был найден в храме, а местоположение оставшихся трёх неизвестно. В храме, перед вратами, Дезмонд теряет сознание и его подключают к Анимусу, чтобы узнать, где был спрятан ключ (подробнее).