- Глобал Траст: Могущественный промышленный синдикат, крупнейший в мире работодатель и поставщик энергии. За счет практически неограниченного капитала и монополии на энергию корпорация «Глобал Траст» получила контроль над крупными месторождениями важного сырья.
- Эдем Инишиэйтив: Экологическая организация, которую одни критикуют, а другие превозносят за прогрессивные взгляды. «Эдем Инишиэйтив» борется за сохранение немногочисленных оставшихся экосистем и выступает за аккуратное использование глубоководных ресурсов. Она обеспечивает бесперебойную поставку альтернативных видов энергии и продолжает разработку экологически чистых «Технологий Грина».
- НАУК (Научная академия усовершенствований и конструирования): Это элитное объединение выдающихся ученых считает себя единственным светочем прогресса. Учитывая их успехи за последние годы, с этим трудно спорить. «Глобал Траст» и «Эдем Инишиэйтив» прекрасно это понимают и настойчиво пытаются добиться расположения НАУК.
В начале игры доступен выбор между Глобал Траст и Эдем Инишиэйтив, на поздних этапах играемой партии появляется возможность начать развитие за НАУК. У каждой фракции имеется несколько стадий развития, начиная с простых рабочих (аналог пионеров и крестьян из прошлых игр серии Anno) и заканчивая управленческим составом (подобие аристократов).
