Разочаровавшись в официальных каналах, двое товарищей взялись за расследование сами. Они сосредоточили свои усилия на европейской штаб-квартире «Амбрелла». Руководствуясь чувством ответственности за город, защиту которого ей доверили, Джилл осталась в Рекун-Сити, чтобы расследовать местный научный центр «Амбрелла», а потом встретиться с Крисом в Европе. В результате инцидент в Рекун-Сити также прошел при ее непосредственном участии. Пока Джилл собирала материалы, мыши и крысы занесли вирус Т из Арклейского исследовательского центра в город. Вирус быстро распространился, заразив большую часть населения. Виновница происшедшего, «Амбрелла», отреагировала оперативно. Она отправила в город подразделения своей службы биозащиты, а также выпустила в городе образец биооружия «Немезида» типа Т, чтобы найти и обезвредить любых выживших бойцов S.T.A.R.S., в которых корпорация видела угрозу. Джилл попыталась бежать из города с «Немезидой» на хвосте. В это время ей встретился Карлос Оливейра, сотрудник службы биозащиты «Амбрелла».
Карлос заявил, что задача его отряда — спасать всех уцелевших в Рекун-Сити. Не имея оснований сомневаться в цели собственной миссии, он предложил Джилл помощь. У Джилл, однако, такие сомнения были. Но ситуация к тому моменту стала критической, и у Джилл не было времени выбирать. Правительство США планировало принять радикальные меры по сдерживанию био-угрозы и нанести по городу ракетный удар. Когда «Немезида» заразила Джилл вирусом Т, она потеряла веру, что выберется из города живой. К счастью, Карлос говорил правду. Он нашел лекарство от заражения вирусом Т и отдал его Джилл. Придя в себя, она объединилась с Карлосом, и они вместе бежали из города. В 2003 году, после операции T-A.L.O.S., Джилл и Крис стали одними из одиннадцати основателей ВSAA, организации, посвятившей себя борьбе с биооружием и биотерроризмом во всем мире. Они боролись с биооружием в Азии, уничтожали нелегальные лаборатории в Южной Америке, арестовывали контрабандистов в Европе, патрулировали весь мир, пытаясь удушить все очаги порока. И все это время, хотя подозрение о длинных руках «Амбрелла» всплывало то тут, то там, у них никогда не было неопровержимых доказательств.
Однако эти длинные руки, как оказалось, росли из плеч Озвелла Э. Спенсера, основателя «Амбрелла». Двое партнеров получили информацию о местонахождении Спенсера и бросились арестовывать его — а нашли своего бывшего командира и злейшего врага, Альберта Вескера. Увидев безжизненное тело Спенсера на полу, партнеры поменяли планы и решили арестовать Вескера. Двое против одного, Крис и Джилл должны были бы легко одолеть Вескера, но его сила и ловкость были за пределами человеческих возможностей. При всей своей подготовке они не могли ничего противопоставить Вескеру. Когда Вескер был уже готов убить Криса. Джилл приняла отчаянное решение. Она бросилась на Вескера и вместе с собой выбросила его из окна на отвесные скалы. Крис ничего не мог сделать — лишь смотреть на ее неминуемую гибель. BSAA развернул полномасштабную поисковую операцию, но ни тела Джилл, ни каких-либо личных вещей так и не нашли. 23 ноября 2006 года Джилл Валентайн была официально объявлена погибшей, и ее имя было добавлено к списку бойцов BSAA, погибших на боевом посту.
Но история Джилл на этом не заканчивается. Падение, как оказалось, не убило ни ее, ни Вескера. Джилл была тяжело ранена и потеряла сознание, но Вескер спас ее. Он вылечил своего врага и поместил в криогенный сон. Вескер планировал использовать ее в качестве первого подопытного, когда план «Уроборос» примет окончательную форму. Так Вескер собирался отомстить своим врагам. К счастью для Джилл, удача была на ее стороне. Аппарат, контролировавший ее жизнедеятельность, обнаружил странные аномалии. В теле Джилл что-то происходило, и Вескер заинтересовался. Внимательный осмотр показал, что в ее организме до сих пор находится мутировавшая форма вируса Т, сохранившаяся со времен заражения в Рекун-Сити. Лекарство, которое дал ей Оливейра, должно было уничтожить все следы вируса в организме, но просто перевело вирус в латентное состояние. Длительный период криогенного сна каким-то образом пробудил вирус снова. Вскоре после разморозки вирус Т полностью исчез из ее организма, но оставил вместо себя нечто иное. Вескер обнаружил в организме Джилл мощные антитела к вирусу.
За все те годы, пока вирус Т находился в ее теле, оно было вынуждено создать защитную систему, которую иначе как чудом не назовешь. Это открытие было весьма на руку Вескеру. Разработка вируса «Уроборос», ключевого элемента плана «Уроборос», оказалась весьма и весьма непростым делом. Вирус «Уроборос», выделенный из цветка «Предка» оказался слишком ядовит, чтобы применяться на людях. Вместо того, чтобы вывести человека на новый этап эволюции, он его просто убивал. Вескер предположил, что антитела из организма Джилл смогут сделать вирус менее ядовитыми. Он оставил Джилл в живых исключительно в качестве инкубатора для антител. Так Джилл, которая посвятила всю свою жизнь уничтожению биоорганического оружия, невольно стала инструментом в разработке самой ужасной его разновидности. После множества исследований и экспериментов, Вескер наконец довел вирус «Уроборос» до совершенства. Участие Джилл в этом процессе означало, что на роль подопытного она больше не годилась. Ее организм был наполнен чистыми, неизмененными антителами с высокой устойчивостью к вирусу. Вескер решил, что найдет ей другое применение.
Побочным продуктом исследования вируса «Предок» было интересное химическое соединение. Ученые назвали его просто P30. Введенное в организм подопытного, оно не только придавало ему сверхчеловеческую силу, но и значительно повышало контролируемость. P30 был вершиной «боевых коктейлей». Целью плана «Уроборос» было создание нового человечества, поэтому P30 для целей проекта не годился. Однако его можно было продавать и получать дополнительный доход. Проект создания универсального солдата, который бы беспрекословно выполнял приказы, велся одновременно с использованием Лас Плагас и P30. К сожалению, у последнего был один, но очень крупный недостаток: исключительная кратковременность действия. Введенная объекту доза P30 очень быстро разлагалась и выводилась организмом, поэтому требовались очень частые инъекции. Это значительно снижало применимость такого продукта как долгосрочного усилителя боевых качеств. Обойти этот недостаток было можно, лишь разместив на теле объекта инъектор, который регулярно вводил бы вещество. P30 оказался хотя и короткодействующим, но сильным и эффективным препаратом. Эффект непрерывных инъекций не был изучен, его-то и планировалось изучить на Джилл. Точку в эксперименте поставили Крис Редфилд и Шева Аломар, вовремя подоспевшие на помощь.
