Помимо ресурсов иногда встречаются аномалии, о них сообщает СУЗИ при первой попытке сканирования. Аномалии свидетельствуют о возможности высадки на поверхность планеты для выполнения специальных заданий N7. Если изначально нет сообщения и пометки об аномалии, то планета считается ресурсной, никаких связанных с ней заданий нет. Искать аномалии следует с помощью графического и звукового ориентиров. Когда зажата правая клавиша мыши, присматриваемся к радару, на нем будет вспыхивать белая линия, указывающая на направление исходящего сигнала. Усиление звукового сигнала будет явным подтверждением правильно выбранного направления движения к аномалии. Когда источник, белая крупная точка в пределах радара, исходящего сигнала будет найден, запускаем зонд. Затем выбираем кнопку «Выход на орбиту» и отправляемся на задание.
Запасы зондов и топлива для корабля пополняются на топливных складах, размещенных на крупных межгалактических развязках с ретрансляторами. Если топливо кончится во время перехода между системами, то со счета будет списано определенное количество металлов, а корабль автоматически вернется на дозаправку.