Алхимия в Neverwinter Nights 2 также используется для перегонки различных предметов, обычно, частей тела экзотических монстров, в одну из пяти типов эссенций, используемых для создания магических вещей. Чтобы извлечь из предмета эссенцию нужно два раза кликнуть по иконке ступки с пестиком и выбрать предмет, например, шип блейдлинга или зуб адской гончей и т.д. На алхимический стол эти предметы помещать не следует, все действия происходят в инвентаре. Если персонаж обладает необходимым значением умения «Алхимия», эссенция автоматически извлекается из предмета. Минимальное необходимое значение умения, а также тип получающейся из предмета эссенции, указаны в описании, которое можно посмотреть, нажав правую кнопку мыши на иконке и выбрав опцию «Изучить». Если требуется создать более мощную эссенцию из нескольких более слабых, то следует поместить слабые эссенции на алхимический стол и использовать ступку. Результатом действия станет более мощная эссенция.
Максимальный уровень заклинателя, необходимый для зачарования предметов, равен 18. При этом уровни заклинателя, полученные персонажем в разных классах, не складываются, то есть волшебник 10 уровня и священник 10 уровня будут считаться заклинателем 10 уровня, а не 20. Драгоценные камни, используемые для зачарования предметов: аметист, белжурил, бриллиант, джасинит, звездный сапфир, изумруд, камень плута, канареечный бриллиант, обсидиан, огненный опал, рубин, сапфир, синий бриллиант, слеза короля.
